Два сайта с одинаковым названием компании, но с разными регионами , по запросу "название компании" в одном регионе появляются вместе, какие есть способы чтобы их разделить ?

для чего их делить ? по витальному запросу будут все филиалы показываться, не в зависимости от региона

Заказчик попросил так сделать, и чтобы филиал региона был выше в своем регионе чем отдельный главный сайт (главный сайт имеет в два раза больший ИКС), есть ли смысл?

а вы ему редирект по айпи сделайте ))

а на самом деле можно так сделать : накрутить витальные запросы из региона на региональный сайт , а на главном сайте выбор города